Hay una regla que casi todos los autónomos conocen: Hacienda tiene cuatro años para liquidar un impuesto. Y hay otra que casi nadie conoce, y que el Tribunal Supremo acaba de confirmar: tiene diez años para comprobar de dónde sale un saldo a tu favor que estés arrastrando.
La sentencia 988/2026, de 23 de julio, zanja la segunda cuestión. Y su efecto práctico es incómodo: las facturas que justifican un saldo a compensar no prescriben a los cuatro años, aunque el trimestre en que nacieron sí lo haya hecho.
Qué decía el caso
La discusión venía de unas liquidaciones de IVA de los ejercicios 2015 a 2018. La Administración comprobó la realidad y cuantía de un saldo de IVA a compensar nacido en un período ya prescrito, y lo aplicó a ejercicios abiertos.
El argumento del contribuyente era razonable en apariencia: si aquel trimestre ya no se puede liquidar, ¿cómo se puede revisar? El Supremo responde que se puede, porque el saldo tiene naturaleza de crédito fiscal. No se está liquidando aquel período: se está comprobando un derecho que sigue vivo porque tú lo sigues usando.
La base legal es el artículo 66 bis de la Ley General Tributaria, y en concreto su apartado segundo: diez años de plazo de comprobación, frente a los cuatro años de prescripción para liquidar.
Por qué esto te toca aunque no tengas una inspección
La mayoría de autónomos no arrastra saldos grandes. Pero hay perfiles donde es lo normal:
- Temporadas altas y bajas: si tu actividad es estacional, es habitual que un trimestre salga a compensar y ese saldo baje arrastrándose a los siguientes.
- Primeros años de actividad: mucha inversión deducible y pocos ingresos generan saldos que tardan en agotarse.
- Campañas de IVA soportado: compras de maquinaria, vehículos o stock concentrado en un trimestre.
- Cambios de régimen: pasar de módulos a directa, o de autónomo a sociedad, suele dejar saldos pendientes de encajar.
En todos esos casos hay una cifra que viaja de declaración en declaración. Y esa cifra, a ojos de la Inspección, es comprobable durante una década.
Qué tienes que conservar (y qué no)
La consecuencia directa es que no puedes destruir el soporte a los cuatro años. Concretamente, de cada período del que nazca un saldo que sigas arrastrando necesitas poder reconstruir:
- Las facturas de soporte de las cuotas soportadas, no solo el resumen de importes.
- Los libros registro de ventas, compras y gastos.
- Las autoliquidaciones presentadas, con su justificante de presentación.
- El rastro del arrastre: cómo ese saldo pasó de un trimestre al siguiente, y qué cuotas se consumieron en el camino.
Si en 2031 te comprueban un saldo nacido en 2024, no basta con demostrar que el cálculo aritmético es correcto. Hay que demostrar que aquellas cuotas existieron, que estaban bien deducidas y que son las mismas que estás usando.
Es la parte donde más autónomos fallan, porque el archivo digital "en una carpeta de Dropbox de hace cinco años" no es un sistema de conservación. Conviene tener una copia accesible y ordenada por ejercicio, y no fiarse de que el programa de facturación antiguo seguirá existiendo cuando haga falta.
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Dónde encaja Mis Facturas
Conservar diez años de trazabilidad es un problema de orden, no de memoria. Mis Facturas mantiene las facturas y los justificantes asociados por ejercicio, con sus importes y contraprestaciones, para que reconstruir el origen de un saldo sea una búsqueda y no una arqueología de archivos sueltos.